В портах имеется наличие двух типов зависимостей — B-deps и R-deps.
Первые (Build-deps) необходимы для сборки порта, или только для сборки некоторых его конфигураций. Вторые (Run-deps) необходимы для запуска собранной программы. Поэтому в систему устанавливаются нескольких десятков портов, которые не используются — такие как gmake, autoconf… Для чистки системы от таких портов существуют специальные утилиты, например pkg_cleanup.